預防冷卻塔內細菌滋生除了要加強冷卻設備的清洗，還要要安裝、維護上有所重視。比如設備開始運行或運行結束后，都要進行清洗和排空系統，并要定期對設備中的水質進行檢查，確保其細菌總含量不會超標。還有不要將閉式冷卻塔等設備安裝在靠近排煙口的位置，這樣會讓水遇到養分而滋生病菌；設備排出的水氣面也不能朝向空氣進風口、開啟式窗戶等；不要使用多孔的的材料；使用簡單的管路連接便于排空和清洗系統等等。
對于像冷卻塔這種設備來說，多清洗多消毒肯定是好的，可以防止細菌的滋生，對人體造成危害。在開式冷卻塔尤其要防范，因為開式冷卻塔可以與空氣接觸，水通過噴淋管起到霧化的作用，空氣通常由風機從下往上吹出，所以很難避免與消除細菌的產生。但在封閉式冷卻塔中就得到了改善，因為水在管內密閉式循環，不予空氣接觸，從而使細菌沒有養分可以存活。
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